Con carácter anual se nombra una Comisión Permanente, que tiene como objetivo dar continuidad al órgano máximo del CIBER y posibilitar la toma de decisiones rápidas que no puedan esperar a la celebración del siguiente Consejo Rector. Sus objetivos, tal y como vienen definidos en los Estatutos, son:

a) Evaluar la ejecución y la operatividad de las actividades del Consorcio.
b) Revisar y conformar los Presupuestos, las Cuentas y otros informes preceptivos para su presentación y
    aprobación por el Consejo Rector.
c) Aquellas tareas que le delegue el Consejo Rector.

En la actualidad y para todo el año 2010 la Comisión Permanente del CIBER BBN está formada por

1. Servicio Madrileño de Salud
2. Universidad Politécnica de Valencia
3. Instituto de Bioingeniería de Cataluña
4. Universidad de Málaga