Las colaboraciones intramurales son líneas de trabajo entre, al menos, dos grupos CIBER, coordinadas por un grupo del CIBER-BBN que plantean un trabajo de investigación enfocado a una patología concreta y que dan respuesta a una necesidad clínica. Proporcionan una estructura reguladora para la actividad científica colaborativa de los grupos del CIBER-BBN en el contexto de las líneas prioritarias de investigación del centro según se definen en su programa científico.
Las colaboraciones actualmente en vigor abordan las siguientes patologías: